El nombre de Agua Prieta, como se le comenzó a decir al lugar por sus primeros pobladores, se tomó de la palabra ópata “Bachicuy” que traducida quiere decir precisamente “agua morena o agua oscura”. Los ópatas así llamaban a esa franja de México, Bachicuy, debido a que en ese terreno había un gran charco de agua que servía para darle de beber a los animales y que cuando los hombres llevaban sus bestias a ese lugar, el agua del charco permanecía negruzca por muchas horas hasta que poco a poco se volvía a aclarar.Agua Prieta se fundó en1899; ese charco fue parte de un extenso lago que existió cerca de esta región, aproximadamente a 30 kilómetros al norte de Douglas, Arizona el cual contenía agua salada y que al evaporarse dejó en el terreno residuos alcalinos, carbonato de sodio, alcalí negro, sulfato de calcio y clorato de sodio y que precisamente al ser revuelta su agua cambiaba de color a tal grado que recibía el nombre de Bachicuy.

Pronto el poblado se convirtió en Comisaría de Fronteras, Sonora. El 28 de agosto de 1903 se concretó la donación del fondo legal mediante un convenio del Gobierno del Estado y Don Pedro Camou, propietario de esos terrenos.

El 28 de agosto de 1916 dejó de ser comisaría dependiente del municipio de Fronteras para convertirse en municipio independiente siendo su primer alcalde el señor Rodolfo L. Márquez. El 8 de mayo de 1933 la población ascendió a la categoría de Villa, siendo hasta el 6 de noviembre de 1942 cuando alcanzó la categoría de Ciudad.

El Municipio de Agua Prieta se localiza en el noreste del Estado de Sonora, entre los paralelos 30º 45’ y 31º 19’ de latitud norte y los meridianos 106º 38’ y 109º 45’ de longitud al oeste del meridiano de Greenwich. Colinda al norte con los Estados Unidos de Norteamérica; al este con el estado de Chihuahua; al oeste con el municipio de Naco; al sur con los municipios de Bavispe y Nacozari, y al suroeste con el municipio de Fronteras.

La extensión territorial del Municipio es de 3,631.63 kilómetros cuadrados, que representan el 1.95 por ciento del territorio estatal y el 0.18 porciento del nacional. Sus localidades más importantes son la Ciudad de Agua Prieta, que es la cabecera municipal y la Colonia Morelos en el medio rural.

El territorio municipal presenta dos formas características en su relieve: accidentadas y semiplanas. Las primeras abarcan aproximadamente 1 451.65 kilómetros cuadrados, que representan el 40 por ciento del territorio total; integran el sistema orográfico que se desprende de la Sierra Madre Occidental hacia el oeste, y sus principales serranías son Agua Prieta, San Bernardino, de Guadalupe, Gallardo, Pitaicachi, La Cabullona, San Luis y Achitahueca. Las segundas, por su parte, comprenden 2180 kilómetros cuadrados que significan el 60 por ciento de la extensión territorial del municipio.

El clima predominante en el Municipio es de tipo templado. La temperatura media mensual máxima es de 27.3 grados centígrados en los meses de junio y julio y la media mensual mínima es de 7.4 grados centígrados en los meses de diciembre y enero; la temperatura media anual, por su parte, es de 17 grados centígrados. Las lluvias se presentan en los meses de julio, agosto y septiembre, y la precipitación media anual es de 334.6 milímetros